上海合作组织成员国的身份对吉尔吉斯斯坦具有重要意义。吉尔吉斯斯坦历届政府一贯坚持发展上海合作组织的路线，也说明了这一点。例如，吉尔吉斯斯坦共和国的第一任总统阿斯卡尔·阿卡耶夫就是该组织的创始人之一。 2016年，前总统发表了《上海合作组织的扩大和加强以及丝绸之路复兴，是欧亚大陆建立牢固安全体系和开展有效合作的途径》的报告。在报告中，阿卡耶夫分析了该组织的活动，得出了上海合作组织正在成为欧亚大主要核心势力的结论。

第二任总统库尔曼别克·巴基耶夫认为，上海合作组织的创立 “毫不夸张地说，是二十一世纪初该地区，乃至全球的重大国际事件之一”。

吉尔吉斯斯坦共和国第三任总统阿尔马兹别克·阿坦巴耶夫也对上海合作组织的作用给予了高度评价。他指出，上海合作组织“是吉尔吉斯斯坦外交政策的优先事项之一”。他多次强调，上海合作组织的地区反恐怖机构是根据吉尔吉斯斯坦的倡议创建的。

在2017年阿斯塔纳举行的上海合作组织峰会上，阿坦巴耶夫提议创立上海合作组织银行并在比什凯克设立办事处。吉尔吉斯斯坦领导人多次提出加强该组织经济方面的合作的建议。例如，现任总统索隆拜·热恩别科夫认为，该组织应“特别重视合作中的经济方面，诸如，落实优先投资项目、推动创建上海合作组织发展银行和发展基金，以及为国际公路运输创造有利条件”。

目前，吉尔吉斯斯坦正在担任上海合作组织成员国国家元首理事会轮值主席国。计划未来四年扩大贸易额并积极发展其它经济领域。总统指出，吉尔吉斯斯坦希望尽快启动中国-吉尔吉斯斯坦-乌兹别克斯坦铁路建设项目，该项目“将大大增强上海合作组织国家的运输和出口能力”。

“同时，打击恐怖主义、分裂主义和极端主义、毒品贩运和跨境有组织犯罪，以及进一步加强边境地区互信等方面，仍然是上海合作组织成员国的重要任务。”国家元首指出。

在言论自由度很高的吉尔吉斯斯坦，对上海合作组织的认识上达成了广泛的共识。由于对上海合作组织的共识，美国军事基地被驱逐出吉尔吉斯斯坦，该基地是在美国遭受 "9. 11" 恐怖袭击和开始在阿富汗开展反恐行动后设立的。美国曾试图在该地区长期驻扎，这引起了吉尔吉斯共和国的上海合作组织的盟友的不安。然而，吉尔吉斯斯坦共和国当局则决定在租赁协议到期后关闭美国基地。当然，驱逐这个基地一方面是向独联体和上海合作组织盟友的展示一种姿态；另一方面，它是对未来的有意识的选择。吉尔吉斯斯坦选择了经过考验的地区合作伙伴和稳定发展的道路。